Entre las enfermedades y condiciones de la tráquea se encuentran: Atragantamiento Tumor traqueal Colapso traqueal Desgarros traqueobronquiales Estenosis laringotraqueal Fractura de tráquea Obstrucción aérea Traqueobronquitis Traqueitis Traqueomalacia Traqueotomía Síndrome de Mounier-Kuhn El 6 de noviembre de 2002 fue realizado el primer trasplante de tráquea en el hospital universitario San Vicente de Paul en Medellín, Colombia.