Hoy esta capilla no se ve muy bien, sus arcos están tapiados y está rodeada de construcciones modernas, pero se la puede ver desde su lado oeste.
El segundo cuerpo presenta vanos de medio punto tapiados y óculos y se remata con alero volado que cobija un friso de esquinillas.
El 7 de febrero del 2007 la estación sufrió un ataque que causó daños graves en el inmueble de la estación. Como consecuencia, el tejado del edificio cayó y casi todos los accesos al edificio de la estación fueron tapiados.
Los trabajos, en los que participaron diariamente casi medio centenar de voluntarios procedentes de localidades del entorno y de lugares como Madrid, Barcelona o Bilbao, tuvo como fin liberar los ojos del claustro, tapiados desde los años 40 del pasado siglo, cuando se alquiló este espacio para guardar ganado y se taparon los arcos para que el ganado no entrara a la iglesia.
Huertos tapiados árabes: fuera del núcleo urbano, podemos visitar un conjunto de huertos, cuyas parcelas están separadas por tapias con puertas de madera y regadas mediante un sistema de balsas y acequias de tipología árabe de gran valor histórico y etnológico.
El templo se conservó con esta forma hasta el Siglo XVIII, cuando los dos arcos laterales de su fachada fueron tapiados como sucedió con otras capillas en Coyoacán.
Queda una estancia en el lado de la Epístola, junto a la capilla mayor y equivalente a la capilla del Santo Cristo, en la que todos sus vanos están tapiados, salvo una pequeña puerta en la comunicación de la iglesia con el claustro.
En la fachada Este, los vanos están dispuestos de forma aleatoria y los balcones han sido tapiados y reducidos a pequeñas ventanas.
está bastante bien construido, con cuadras y dos corrales cercados, hay habitación para el guarda, otra reservada para el conde o sus administradores, y otro edificio con corrales tapiados a la altura de dos varas que sirven de encerraderos para los ganados....
En 1913, el historiador y periodista Pedro María Ibáñez describe el templo, el cual no sale bien librado en su factura: Dos años después, en 1915 los frailes intervinieron el templo, se le adicionó la segunda torre en el costado oriental y se reemplazó su remate por el que tiene hoy en día. También fueron tapiados algunos nichos que tenia la fachada y se instalaron los escudos de la orden y la provincia.
Fachada Norte. En el muro norte se abren seis huecos, uno en la parte superior y cinco en la planta baja, dos de ellos tapiados. Frente a este lado y separado del mismo se conservan restos de una construcción rectangular de una sola planta.
Hoy en día sólo uno de ellos, la puerta de las Palmas, comunica con el patio. Todos los arcos al este de la puerta fueron tapiados hace tiempo para alojar en ellos múltiples capillas.