Tras un paseo por los Jardines del Retiro de Madrid observó los despliegues que realizaban las tropas francesas, por lo que tomó la decisión de abandonar Madrid para unirse a quienes en otros puntos se reorganizaban en defensa de la independencia española, desoyendo los consejos de su médico y los de sus compañeros Francisco de Arcos, Romero o José de Luna de no incorporarse a la lucha debido a su precario estado de salud.
Mientras el nuevo emperador se entregaba a una vida disoluta, su gobierno proclamó públicamente que se aliaría con los tártaros para someter a los bandidos (聯虜平寇), pero en realidad adoptó una política mucho más oportunista: dejar que los rebeldes y los manchúes combatieran entre sí mientras se reorganizaban y reconstruían sus fuerzas.
En noviembre de 1864 estalló una sublevación que fue aplastada con insólita dureza, lo que aquietó a los opositores unitarios, mientras los federales se reorganizaban esperando una nueva oportunidad.
La lucha continuó en el campamento durante algunos instantes más e incluso parecía que la retirada francesa había logrado infligir cierto daño al ejército inglés mientras se reorganizaban; pero Frank Haller, el alguacil de la fortaleza, había seguido minuciosamente los movimientos de sus enemigos y, en ese momento crucial, ordenó el ataque de la guarnición de Auberoche desde retaguardia, precipitando la clara victoria inglesa sobre los infelices franceses que huían a duras penas.
Una breve tregua fue acordada, mientras los soviéticos se reorganizaban y el nuevo comandante del Tercer Frente Bielorruso, el general Vasilievsky, integraba sus fuerzas al Primer Frente Báltico.
Para finales de año el Directorio francés preparó sus planes para conquistar más territorios en Alemania y el norte de Italia, donde los austriacos reorganizaban sus fuerzas.
Noriega logró huir. Los rebeldes permanecieron en Chota durante cuatro días, mientras que las fuerzas gobiernistas se reorganizaban.
Entre estos estaba el español Gaspar López, quien decidió continuar fiel a la causa real, marchándose junto con algunos hombres hacia Chachapoyas en donde se reorganizaban los ejércitos realistas para enfrentar al general patriota Álvarez de Arenales.
El significado que le dio el historiador francés fue triple: en primer lugar, el incastellamento suponía ocupar nuevos lugares, concentrando la población antes dispersa; en segundo lugar, estos nuevos poblados estaban fortificados (se "encastillaba" la población); en tercer lugar, en torno a los nuevos asentamientos se reorganizaban los espacios de producción en espacios concéntricos.
Rápidamente tras la evacuación de la base administrativa de las Brigadas Internacionales de Albacete a Barcelona en abril de 1938 -debido al corte por las tropas franquistas de la zona republicana por la ofensiva de Aragón por el Ebro a mediados de dicho mes- y tras el consiguiente cierre de las cárceles disciplinarias propias del 'Camp Lukács' y de otros lugares de Albacete, por el avance de las tropas franquistas, los responsables de las Brigadas Internacionales decidieron (al tiempo que reorganizaban la sede administrativa de las Brigadas en el barrio de Horta de Barcelona) establecer una nueva cárcel para brigadistas en el Castillo de Castelldefels desde...
Lescure se había opuesto obstinadamente a tal maniobra. Un día después, los campesinos rebeldes se reorganizaban en Varades con sus fuerzas relativamente intactas.
Sin embargo a los pocos días se produjo el primer conflicto entre la Generalitat y el Gobierno Provisional cuando el Ministerio de la Gobernación consideró una invasión de sus competencias el decreto publicado el 3 de mayo en el primer número del “Butlletí de la Generalitat de Cataluña” en el que se reorganizaban las instituciones de la Generalitat y se nombraban unos comisarios de la misma en Gerona, Lérida y Tarragona.
