En el torneo nacional el equipo no corrió con la misma suerte, y a pesar de que el argentino Luis José Grill sustituyó a Casarín como entrenador, el equipo no logró clasificar a la liguilla. Hugo Enrique Kiesse logró anotar veinticuatro goles en la temporada, obteniendo el tercer lugar de goleo individual.
Quedaron eliminados a las primeras de cambio en la liguilla de la UEFA donde se encontró con su ex equipo, el Deportivo de la Coruña, saliendo ovacionado del Estadio de Riazor a pesar del 3-0 a favor de los gallegos. A nivel individual, consiguió 16 tantos para quedar en 4ª posición por el título de goleo, empatado con otros 2 jugadores.
Campeón con los Mastinez de Comonfort de tercera división en donde también fue campeón de goleo, posteriormente militó en el Celaya FC de Segunda División LPA con quien en la posición de medio de contension logra el campeonato del torneo Independencia y posteriormente el Ascenso a la liga Ascenso MX; fue transferido al León F.C.
Tras el paso de directores técnicos como el uruguayo Héctor Núñez en la temporada 1981-82, Diego Mercado y Diego Malta en la temporada 1983-84, Javier de la Torre en la temporada 1984-85, Bora Milutinovic y Juan Manuel Álvarez en la temporada 1988-89, Francisco Ferreira en la temporada 1990-91, y Alberto Guerra en la temporada 1992-93, el equipo jamás logró pasar de los cuartos de final en las liguillas a las que pudo acceder. En el año de 1986, el uruguayo José Luis Zalazar, logró obtener el primer título de goleo individual para la institución.
Y finalmente Alberto “Caballo” Mendoza y el español Martí Ventolrà campeones de goleo en 1939-40 y 1940-41 respectivamente. Claro, mención aparte merece el máximo goleador durante más de cuarenta años en la institución y sin lugar a dudas el mejor jugador y máximo ídolo atlantista: Horacio Casarín.
Sin embargo, dos paradojas acompañarían al equipo al final de dicha campaña, primero el campeón de goleo no surgió del equipo, dicho honor correspondió al también legendario delantero Isidro Lángara del España que había marcado 40 tantos.
Una de las figuras que llegaron fue el entonces tetra campeón de goleo Evanivaldo Castro Cabinho, quien a partir de 1979-80 iniciaría una destacada trayectoria en el equipo azulgrana, desplazando como máximo goleador de la historia (no solo del Atlante, sino del fútbol mexicano) a Horacio Casarín, añadiría tres títulos consecutivos más a su palmarés de cuatro y guiaría, junto con elementos como Ricardo Lavolpe, Eduardo Rergis, Arturo Vázquez Ayala, Eduardo Moses y Rubén Ayala, al equipo a destacadas campañas que concluyen en el avance a la gran final del campeonato de liga 1981-82.
Una vez más, el partido definitivo se lo ganaba a Municipal. La lucha de goleo y de la meta menos vencida fue reñida. Cremas, con las estadísticas de 69 a favor y 28 en contra.
Al ganar el título de liga, Manning, RB-Edgerrin James Harrison y WR-Marvin ganó los honores de Pro Bowl, mientras que el K-Mike Vanderjagt ganó el título de goleo NFL.
También estuvo en el club Dionisio Mejía el primer anotador de un hat-trick para la selección mexicana, y que fuera campeón de goleo con el equipo en 1928-29.
Comenzando con uno de los mejores jugadores mexicano de esos tiempos Juan Trompito Carreño, campeón de goleo en 1931-32, célebre por ser el primer anotador de la selección mexicana en competencias oficiales, pues fue el quien marco los primeros tantos nacionales en el Torneo Olímpico de Ámsterdam 1928 y en la Copa del Mundo de Uruguay 1930.
El director técnico campeón fue Manolo Pando, quien llevó al equipo regiomontano al título con 13 victorias, 8 empates, 3 derrotas, 42 goles a favor, 31 en contra y diferencia de goleo de +11, en 24 juegos.
