Sin embargo, a causa de que el filo cigomicota ha sido identificado como polifilético, y no es incluido en los sistemas actuales de clasificación fúngica, las enfermedades a las cuales puede aludir el término cigomicosis se opta por nombrarlas de manera específica, incluyendo: mucormicosis (del orden Mucorales), ficomicosis (del orden ficomicetes) y basidiobolomicosis (del orden Basidiobolus).