En 1789 dirigió una expedición a la Patagonia, con el objetivo de levantar planos de la zona, verificar la supuesta presencia de navíos extranjeros que se dedicaban a la caza de lobos marinos y ballenas y de posibles asentamientos en la costa que pudieran éstos utilizar como base, así como de sondear las intenciones de los indios y localizar la isla Pepys, conocida por los españoles como La Catalana, la cual era una incógnita cartográfica que deseaban desvelar los almirantazgos europeos, debiendo dirigirse una vez acabada la misión a las Malvinas para relevar a de Mesa en el gobierno del archipiélago y entregarle toda la documentación relativa a la expedición para que éste la llevase a las autoridades cuando llegase a Buenos Aires.
En 1667, la Armada holandesa, tras haber destruido el núcleo de la Armada inglesa en Chatham, había sido la más fuerte en el mundo; sin embargo, para 1672, esta situación había cambiado nuevamente, ya que los ingleses habían reemplazado las naves perdidas, mientras que solo se habían construido pocas naves holandesas y uno de los cinco Almirantazgos holandeses, el de Frisia, fue incapaz de contribuir con naves porque la provincia había sido atacada por Münster, los holandeses impidieron con éxito un bloqueo de su costa y cualquier desembarco de tropas enemigas, a pesar de que estaban superadas en número por un tercio por la flota combinada anglo-francesa.
Aunque era evidente que había hundido al crucero brasileño y había sido averiado por sus perseguidores, la Armada argentina lo encubrió en complicidad con los almirantazgos de Gran Bretaña y Estados Unidos.
En 1726 después de un corto intervalo, sin haberse hecho nuevo nombramiento de tal dignidad, Felipe V acordó no proveerla, y en 1737 fundió los almirantazgos españoles en la suprema jerarquía de almirante general de la Armada, concedida al infante Don Felipe.
