En una tercera gran reforma, del siglo XVIII, se adosó una nave lateral norte con grandes arcos de comunicación tanto con la nave primigenia como con la capilla lateral norte y se re levantó la torre medieval de los pies formando el campanario actual.
Los huecos que aparecen en los capiteles de la segunda columnata y entorno al tímpano corresponden a huellas del mobiliario litúrgico que se adosó a la portada cuando se adaptó como retablo mayor de la parroquia de Santo Tomás Apóstol, acogida en la capilla de la Majestad a partir del año 1671.
En su lado sur se adosó, en una fecha indeterminada, No se sabe con exactitud cuando se construyó, pero en el plano realizado en 1879 por el Instituto Geográfico y Estadístico, ya aparece una capilla de planta irregular.
En 1739 se adosó la capilla de San Joaquín, Santa Ana y Nuestra Señora de la Mano al testero norte del transepto, perpendicularmente al eje del templo; su construcción es atribuida al carmelita fray Pedro de la Visitación.
De sencilla construcción, consta de una nave rectangular rematada en un ábside semicircular en la zona del altar. En el siglo XVII se reformó la iglesia y se adosó una nueva nave al muro sur de la ya existente.
Mendizábal el Mozo, que era sobrino de Juanes de Mendizábal el Viejo, alzó los muros perimetrales y volteó unos arcos entre los contrafuertes, a los que adosó unas columnas de orden dórico; columnas que en el siglo XVIII fueron sustituidas por unas pilastras.
(Para contrarrestar esta limitación el fabricante europeo Faber-Castell adosó a la parte trasera de alguno de sus modelos una sencilla máquina de sumar digital y mecánica de seis cifras, llamada Addiator, durante un periodo comprendido entre 1950 y 1970 aproximadamente.) Lo que hay que explicar es más bien lo contrario.
Décadas antes de esta intervención, en el último cuarto del siglo XV, se adosó al exterior de la iglesia la capilla de los Calderones o de Santa María, conectada con el interior del templo, que destruyó parcialmente el cementerio medieval.
Recientes estudios monográficos, constatan que la torre ya existía cuando se construyó el ábside a principios del siglo XIII, y posteriormente, en el siglo XIV la nave, cuyo hastial se adosó a la torre, ocultando su decoración.
En algún momento no precisado, se adosó la sacristía al muro sur del templo, retirando uno de los contrafuertes previos, y compensándolo con la inclusión de un elemento de refuerzo en la pared sur de la sacristía.
Más tarde, en 1573, Sebastián de Portugal (1568-1578) adosó dos baluartes en los extremos de la muralla ya existente, elementos cruciales en la arquitectura militar tras el advenimiento de la artillería, colocados estratégicamente en lugares que optimizaban el tiro cruzado.
De acuerdo a su gusto ecléctico y abigarrado, Soane acumuló copias en yeso de múltiples relieves y esculturas de la Antigüedad, y las adosó a las paredes formando chocantes puzzles.
