Las imágenes de satélite usadas para identificar cursos de agua secos en el desierto al oeste de Nilo, nos muestran un cañón, Eonilo, ahora relleno por el flujo superficial. Esto representa un antiguo Nilo llamado Eonilo que fluyó durante el Mioceno (de 23 a 5,3 millones de años antes del presente).
Hace unos diez millones de años, durante el Mioceno, un aumento de la aridez a nivel global provocó el inicio de la reducción de los bosques tropicales del Viejo Mundo (que se habían expandido ampliamente a mediados de esa época geológica por los tres continentes) a las franjas ecuatoriales de África y Asia donde nos los encontramos actualmente.
Durante el Mioceno tardío se produjo la crisis salina del Mesiniense, cuando el mar Mediterráneo quedó aislado y se evaporó, y el Nilo bajó su curso a un nuevo nivel que estaba cientos de metros bajo el nivel del océano en Asuán y 2.400 metros por debajo de El Cairo.
El cráter Bigach es un cráter de impacto de un asteroide de 8 km de diámetro, que se estima data del Plioceno o Mioceno, de hace cinco a tres millones de años.
Entre los artiodáctilos extintos que se desarrollaron en el Mioceno se incluyen los géneros Ampelomeryx, Tauromeryx y Triceromeryx.
Estos siguieron siendo diversos a finales del Mesozoico, cuando crocodiliformes como Deinosuchus y Sarcosuchus alcanzaron longitudes de 12 m. Crocodilianos de tamaño similar, como Mourasuchus y Purussaurus, existieron tan recientemente como el Mioceno en Suramérica.
Dentro de los roedores, pertenecen a la superfamilia de los cavioïdeus, igual que los agutíes (Dasyproctidae), las pacas (Cuniculidae) y los pacaranas (Dinomyidae). Los antepasados fósiles de Hydrochoerus hydrochaeris, están representados por diversos géneros a partir del Mioceno superior..
A medida que este se aproximaba a la superficie, los gases, debido a la disminución de la presión circundante, se iban liberando del magma y los episodios vulcanológicos pasaban de ser tranquilos a tener un carácter marcadamente explosivo, formando materiales fragmentarios. Tras largo tiempo de acumulación de materiales, el nacimiento de la isla se produjo a finales del Mioceno (Era Terciaria).
Una de las innovaciones de Mesohippus era que tenía seis dientes posteriores, una característica que conservarían todos los équidos posteriores. En el Mioceno tuvo lugar la transición de las formas primitivas de équidos a las formas modernas.
Al cabo de las épocas Paleoceno, Eoceno, Oligoceno, Mioceno y Plioceno de la Era Terciaria se formaron los demás sistemas montañosos de la isla, formándose un archipiélago compuesto por tres islas alargadas y separadas por dos canales marinos.
Su origen geológico es relativamente reciente, predominando los materiales sedimentarios -arenas, limos y arcillas- del Mioceno superior, Plioceno y, más localmente, Pleistoceno, producto de la erosión de los nuevos relieves.
Los dasiúridos (Dasyuridae) son una familia de mamíferos que han vivido desde el Mioceno Medio hasta el presente. La familia comprende la gran mayoría de las especies de marsupiales carnívoros.
