Estas políticas continuaron con el heredero de Shigemasa: Matsukura Katsuie. Los habitantes de las islas Amakusa sufrieron la misma persecución a manos de la familia Terasawa.
A mediados de la década de 1630, los campesinos de la península de Shimabara y de las islas Amakusa estaban insatisfechos con el pago de impuestos excesivos y sufrían los estragos de la hambruna, por lo que se sublevaron contra los señores feudales.
Los habitantes descontentos y los rōnin comenzaron a tener reuniones secretas y planearon la rebelión, la cual estalló en otoño de 1637, cuando el daikan (recolector oficial de impuestos) fue asesinado. Al mismo tiempo, otros se rebelaron en las islas Amakusa.